El museu disposa d'un auditori i d'una biblioteca especialitzada en la història de Catalunya.
L'exposició permanent mostra de forma innovadora la història de Catalunya, des de la prehistòria fins als nostres dies, distribuïda cronològicament en 8 etapes.
✔ Les arrels. Des del Paleolític inferior al final de l'època romana (prehistòria - segle VIII).
✔ El naixement d'una nació. La Reconquesta i l'expansió política i territorial (segles VIII-XIII).
✔ La mar nostra. L'expansió militar i mercantil per la Mediterrània (segles XIII-XVI).
✔ A la perifèria de l'Imperi. La Guerra dels Segadors, la Guerra de Successió Espanyola i el Decret de Nova Planta (segles XVI-XVIII).
✔ Vapor i nació. De la revolució industrial al modernisme (segles XVIII-XIX).
✔ Els anys elèctrics. Del moviment obrer a la Guerra Civil (de 1900 a 1939).
✔ Desfeta i represa. De la llarga postguerra a la democràcia (de 1940 a 1980).
✔ Retrat de la Catalunya contemporània (de 1980 fins als nostres dies).
El Museu d'Història de Catalunya ocupa un sector dels antics Magatzems Generals de Comerç, un edifici típic de l'arquitectura portuària del segle XIX, actualment conegut com Palau de Mar. Es tracta de l'única edificació conservada de l'antic port industrial de Barcelona. Va ser construït entre 1885 i 1900 seguint el projecte de l'enginyer Maurici Garrán, inspirat en els edificis portuaris anglesos de l'època. El 1992 ha estat àmpliament restaurat i modernitzat.